Üniversitemiz öğrencileri mevcut yasa çerçevesinde aileleri tarafından yapılandırılan SGK hizmetlerinden yararlanmaktadırlar. Üniversite dışındaki hastanelerde yapılan tüm tedavilerin masrafları öğrencilerin kendi özel sağlık sigortaları veya ailelerinin sosyal güvenlik sistemleri tarafından karşılanır. Üniversitenin sağlık hizmetleri, öğrencilerin ve personelin doğrudan Üniversitenin sağlık merkezine başvurarak ücretsiz muayene edilip, gerektiğinde sağlık kurumlarına sevk edilmesi ile yürütülmektedir. Bu işlemler için Piri Reis Üniversitesi öğrencilerin sigortalı olup olmadığa bakmamaktadır. Üniversite öğrencileri ve personelinin tüm muayene ve acil yardım hizmetleri ücretsiz yapılmaktadır. Acil durumlarda ilk müdahaleden sonra gerekirse ileri tedavi hizmeti veren hastanelere nakil sağlanmaktadır. Erasmus değişim öğrencileri ve uluslararası öğrencilere, Türkiye’de geçerli olacak ve sağlık masraflarını karşılayacak uygun bir sağlık sigortası yaptırmaları tavsiye edilmektedir. Bu öğrenciler de Üniversitenin sunduğu sağlık hizmetlerinden üniversite sınırları içinde ücretsiz olarak yararlanabilirler.